Eğitimini Istanbul Alman Lisesi’nin ardından İstanbul Boğaziçi, Viyana ve Paris Nannterre Üniversitelerinin biyoloji, sosyoloji ve felsefe bölümlerinde sürdürmüştür. Mehmet Güleryüz atölyesinde ve Paris’te resim eğitimi almıştır. Suluboya desenleri uluslararası ödül kazanmıştır.

1993 yılında Türkiye’nin ilk yemek dergisini yayınlamış ve yemek dergisi sektörünü başlatmıştır.  Türkiye’nin ilk  TV Yemek programının gastronomik içeriğini hazırlamış ve ardından 1000 adetin üzerinde yemek programı hazırlayıp sunarak sektör öncülüğü yapmıştır. Türkiye’nin ilk pastacılık ansiklopedisini yayınlamıştır.Pasta ustalarına günümüz pastacılığının temel tariflerinin uygulamasını öğreten bu çalışma  mutfak profesyonelleri için hazırlanan bu özellikteki ilk çalışmadır. 12 adet yemek ve pasta kitabının yazarıdır. Çeşitli dergilerde yayınlanmış beslenme konusunda makaleleri ve yemek kritikleri vardır.

Profesyonel çalışmaları geleceğin gıda çeşitlerinin  innovasyonu ve gıda marketingi alanlarını kapsamaktadır. Bu kapsamda Tefal, Unilever, Paşabahçe, Beymen, Kraft, Suchard, Sabancı grubu, Komili ve daha pek çok marka için ses getirici projeler geliştirmiş ve uygulamıştır.

Bununla birlikte bir pasta tutkunu olan Emel Başdoğan arzu ettiği nefasette pasta satın alıp yemek  imkanı bulamadığı için en lezzetli, en sağlıklı pasta arayışına yine kendi çözüm üretmiş ve 1997 yılında ‘foodie by Emel Başdoğan’ isimli pasta atölyesini kurmuştur.  Hiç bir sanayi ürünü kullanmadan üretilen, bebek maması saflığındaki pastaların en önemli özelliği benzersiz hafiflikte ve yoğun lezzette olmasıdır. Cevizlinin cevizi, çileklinin çileği, çikolatalının çikolatası, ıspanaklının ıspanağı bol olmalı anlayışı da nefaseti tamamlayan bir başka işletme prensibidir.

2000 yılında sahibi olduğu Başdoğan Ltd şirketi bünyesinde bir  Ar-Ge atölyesi kurmuştur. Bu atölye günümüz insanının yedikçe zayıflamasını mümkün kılacak mucizelerin innovasyonu üzerinde çalışmaktadır. Kilo kontrolu destekleyici ürünler  sanayi skalasında üretilip geniş kitlelere ulaşacak şekilde dizayn edilmektedir.

Dünyanın öndegelen yemek okulu  CIA’de (Culinary Institute Of America) fotoğraf çekimi için gıda hazırlama eğitimi almıştır. Dünyadaki okul eğitimli ilk sekiz food stylist’ten biridir.

Modelli ve temalı pasta uygulamasını Türkiye’de ilk başlatan kişi olarak bir sektör yaratmış ve ardından bu yöntemi öğreten ilk Türkçe eğitim kitabın yazmıştır.

2014-2015 yılında BBC’nin fırın yemekleri konusundaki eğitici programı ‘The Great British Bake Off’un Türkiye jürisi görevi üstlenmiştir.

Ödüllü kitabı “Hayat Zayıflarken de Güzel” in içeriği  “Paşabahçe/Emel Başdoğan imza serisi” isimli bir proje haline getirilmiş ve 2019-2020 yıllarında Paşabahçe mağazalarında fark yaratan ürünler olarak tüketiciye sunulmaktadır.

Çok iyi derecede Almanca, İngilizce ve Fransızca bilen Emel Başdoğan “Zeynep” in annesidir.